如果京東員工誤操作導致公司損失超過一百萬，那么這可能是一項嚴重的錯誤，需要采取適當的措施來處理。

公司應該立即啟動調查，了解員工誤操作的具體情況，包括操作過程、原因和可能的預防措施，這可以幫助公司確定責任方和損失的來源。

公司應該與員工進行溝通，了解他們的反應，并給予適當的補償或懲罰，如果員工是無意的過失，公司可以考慮給予一定的賠償或福利，以示寬大處理，如果員工是故意或疏忽的行為，公司可能需要采取更嚴厲的措施，如紀律處分、解雇或法律追究等。

公司應該采取措施來防止類似事件再次發生，這可能包括加強內部流程和系統的管理、培訓員工遵守操作規范、加強安全措施等，公司還可以考慮與外部專業機構合作，以獲得更好的風險管理和內部控制。

如果京東員工誤操作導致公司損失超過一百萬，公司應該采取適當的措施來處理此事，并采取措施防止類似事件再次發生。